Trường Đại học Khoa học Tự nhiên là trung tâm đào tạo đại học, sau đại học, cung cấp nguồn nhân lực, đội ngũ chuyên gia trình độ cao trong lĩnh vực khoa học cơ bản và khoa học công nghệ mũi nhọn, có năng lực sáng tạo, làm việc trong môi trường quốc tế.
Trường hiện có 10 khoa:
- Khoa Công nghệ thông tin
- Khoa Toán – Tin học
- Khoa Vật lý – Vật lý Kỹ thuật
- Khoa Hóa học
- Khoa Sinh học & Công nghệ Sinh học
- Khoa Môi trường
- Khoa Khoa học và Công nghệ vật liệu
- Khoa Địa chất
- Khoa Điện tử Viễn thông
- Khoa Khoa học liên ngành
Ngoài ra Trường ĐH Khoa học Tự nhiên còn có 16 trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ thực hiện các dự án trọng điểm và nghiên cứu chuyên sâu, mũi nhọn.
Trường đang có 31 ngành (38 chuyên ngành) ở bậc sau đại học và 13 ngành (52 chuyên ngành) đào tạo ở bậc đại học